La Real Isla de León ha experimentado a lo largo de su historia una evolución en la existencia de diferentes lugares de enterramientos; desde que en los principios de la ciudad, los enterramientos se producían en las Iglesias, imperando un, mal entendido, "status" social, así pues los mas pudientes económicamente elegían sus lugares en donde reposar eternamente en sus Panteones Familiares al pie de los mejores altares, a los no pudientes o pobres se les enterraban en los lugares de las Iglesias llamados  "cementerios" que era el nombre originario y destinado al enterramiento de este "status" social.
El paso de estos Cementerios Parroquiales a los conocidos contemporáneamente tienen una fecha clave en la historia de la ciudad, esto es, la del 3 de Abril de 1787, fecha de la creación de la Real Cédula por el cual desde esta fecha se prohibían los enterramiento en las Iglesias y lugares céntricos de la ciudad por razones, aludidas en aquellos entonces, de carácter sanitario.
De entre todas las Iglesias de la Ciudad, además de las del Carmen, San Francisco... era la Iglesia Mayor Parroquial, la que mayor número de enterramientos soportaba.
La epidemia surgida en Cádiz, Fiebre Amarilla, en el año 1800 promovió el aceleramiento y la necesidad aun más imperiosa de la creación de un Cementerio mas acorde con las necesidades y los acontecimientos de la época; de esta forma se crea y utiliza durante algún tiempo el del Pedroso mientras se empezaban a hacer estudios y negociaciones con los diferentes Cabildos Municipales para la adquisición de terrenos en la zona llamada Casa Alta y se encargaba al aparejador D. Tomás Castrelo los estudios de esos terrenos.
En 1804 y ante la eliminación de los anteriores Cementerios, se inician conversaciones con Dña. Clara de Madariaga, propietaria de terrenos en la zona de Casa Alta y se encarga al arquitecto D. Torcuato José Benjumeda el proyecto y la dirección de las obras del nuevo Cementerio en esa zona.
Las obras comenzaban en Febrero de 1804 después de muchas vicisitudes y problemas pero tras epidemias y mas problemas, hubo de vallarse las obras y de poner de nuevo en uso el antiguo Cementerio de El Pedroso.
Tras distintas paralizaciones de las obras por problemas presupuestarios, este arquitecto, da por terminadas las obras en el año 1.810.
Muchas actuaciones posteriores de reparaciones y hasta intentos de la creación de otro Cementerio en el Camino antiguo de La Carraca que no fructificaron, hicieron que otros maestros albañiles como Fernando García, presupuestos de Pedro Quintana, la participación de arquitectos como Manuel García Álamo en 1.856 y Juan de la Vega y Correa en el año 1882 y con ellos las sucesivas modificaciones y reparaciones que se han realizado hasta nuestros días, hicieron posible lo que hoy por hoy conocemos como Cementerio Municipal de San Fernando.